Darwin esteve nas Ilhas Malvinas (Falklands para os Ingleses) a bordo do Beagle duas vezes. No dia primeiro de março de 1833, vieram da Terra do Fogo chegando pelo cabo Pembroke, extremidade Leste das ilhas. Perder mastros, âncoras ou até mesmo parte da tripulação após enfrentar as tempestades dos mares do sul era relativamente comum. Por isso, embora o comandante Beaufort tivesse dito ao FitzRoy para não se preocupar muito com o mapeamento dessas ilhas, o comandante decidiu fazê-lo com cuidado, visto que qualquer possível porto poderia servir de abrigo aos barcos danificados.

No dia 26 de março, atracou no estreito Berkeley a escuna Unicorn, comandada por William Low. Ela carregava sobreviventes de um naufrágio ocorrido na Terra do Fogo, na mesma tormenta que o HMS Beagle enfrentou em janeiro daquele ano. FitzRoy gostou imediatamente da escuna e após minuciosa inspeção decidiu comprá-la para ajudar nos trabalhos de mapeamento. Nomeou a embarcação de Adventure em homenagem ao navio comandado pelo capitão P.P. King que entre 1826 e 1830 o levou à Terra do Fogo.

Enquanto isso, Darwin explorou as ilhas, coletou animais e vegetais, mas não se empolgou muito com o que viu. Contudo, lá encontrou um grande número de conchas fósseis em antigas rochas, ainda com restos orgânicos. Registrou esse achado em cartas para o seu mentor Henslow e sua irmã Caroline. Em suas notas feitas nas Malvinas, Darwin revela pensamentos voltados às mudanças das espécies, levantando inclusive questões muito a frente de seu tempo relacionada à ecologia e ao comportamento dos animais.

No dia 4 de abril, o Adventure, comandado pelo Sr. Chaffers partiu rumo ao rio Negro para ajudar nos trabalhos de pesquisa com parte da tripulação resgatada de um baleeiro francês. Dois dias depois o Beagle partiu para o mesmo destino levando o restante dessa tripulação. As duas embarcações voltariam a se encontrar nas Malvinas em 10 de março de 1834, regressando à Patagônia em 7 de abril desse mesmo ano.