O Beagle aproximou-se da foz do rio Negro, Argentina, em 13 de abril de 1833. Quatro dias depois, ao passar pela baia de San José, Charles lamentou não poder investigar de perto uma enorme variedade de conchas fósseis nas falésias. Mas um grupo de golfinhos que seguia o Beagle trouxe de volta sua alegria. A tripulação conseguiu capturar uma fêmea, que foi medida por Darwin e desenhada pelo capitão. Mais tarde essa mesma gravura ajudou na identificação de uma nova espécie, que recebeu o nome de FitzRoy, em sua homenagem.

Por conta das condições dos ventos e das dificuldades de sondagens decidiram rumar para Montevidéu, chegando em 25 de abril. A tripulação pôde buscar as correspondências e encomendas. Darwin visitou Augustus Earle - pintor e desenhista inglês - que havia deixado o Beagle para recuperar sua saúde mas, lamentavelmente, continuava adoentado. Após o desembarque dos passageiros “náufragos”, o Beagle seguiu para Maldonado onde encontram o Adventure ancorado.

Enquanto o Beagle seguia com o mapeamento da costa sul americana, Darwin aproveitou para percorrer a região em torno da cidade de Las Minas, ao norte de Maldonado, acompanhado de gaúchos armados e bem relacionados para garantir sua segurança. Maldonado era um pacato vilarejo, quase sem comércio, que chamava atenção pela quantidade impressionante de gado e cavalos em suas terras. Darwin pôde se valer dessa fartura levando em suas excursões cavalos descansados. Ele passou bastante tempo convivendo com os gaúchos, mapeando a geologia local e coletando quadrúpedes e aves, de forma que considerou sua coleção quase completa. Embora tenha poucas anotações sobre insetos em Maldonado, seus comentários sobre o besouro vira-bosta, por ele chamado do gênero afódio, foram considerados visionários. Ao retornar ao Beagle dia 29 de maio, Darwin estranhou a vida a bordo.

Em julho, o Adventure foi adaptado para a viagem ao Sul. Nesse período foi descoberto que um dos integrantes da nova tripulação era um ex-pirata, que esteve a bordo de uma embarcação combatida por um navio de guerra inglês. Sendo assim, no dia 10, FitzRoy tomou a decisão de encaminha-lo até o cônsul inglês, em Montevideu. No dia 20, ao chegar lá, Darwin despachou alguns lotes de sua coleção para o senhor Henslow, e enviou correspondência a sua irmã Catherine, pedindo permissão ao seu pai para contratar um assistente. O escolhido foi Syms Covington, que trabalhou inicialmente como servente de cabine de popa, e tornou-se seu secretário e criado até 1839, quando migrou para Austrália.