O HMS Beagle e o Adventure ancoraram em Valparaíso em 23 de julho de 1834. Em agosto de 1834, Charles seguiu a cavalo para Santiago, com o intuito de explorar a geologia da Cordilheira dos Andes. Em 5 de setembro, Charles retornou para Valparaíso, mas adoeceu durante o trajeto, permanecendo acamado, e obrigando o capitão FitzRoy a retardar a partida para novembro. Durante este período, o Adventure foi vendido e, para o alívio de Darwin, FitzRoy desistiu de aperfeiçoar o mapeamento realizado anteriormente da Terra do Fogo.