Apesar das adversidades do arquipélago de Galápagos, logo que desembarcou na ilha Chatham (San Cristóbal), Darwin observou uma grande quantidade de répteis e crustáceos. Ele não percebeu que as iguanas marinhas eram, na verdade, uma espécie endêmica de Galápagos, pois nos museus houve uma classificação errônea, determinando esses animais como existentes nas regiões continentais da América do Sul.

A grande quantidade de tartarugas gigantes nas ilhas o impressionou bastante, apesar do governador de Galápagos tê-lo informado que no passado elas eram ainda mais abundantes. FitzRoy abasteceu o Beagle com mais de trinta tartarugas, além de porcos e legumes. Era comum os comandantes carregarem seus barcos com cerca de 100 tartarugas. Estima-se que a população das tartarugas tenha sido de 300 mil, contudo essa prática dos viajantes a reduziu drasticamente.

Charles surpreendeu-se com a docilidade das aves, que pareciam ser domesticadas. Chegou a se aproximar de um gavião sem que o animal se assustasse com sua presença. Todavia, algumas aves foram motivo de maior dedicação para ele. Darwin percebeu que os tentilhões tinham diferenciações para cada ilha, preocupando-se em somente rotulá-los. Contudo, a cor da plumagem entre os machos e as fêmeas acabou por confundi-lo. Apesar disso, percebeu que eram animais que mereceriam maior atenção nas suas análises posteriores. Acreditava que, devido à baixa população de insetos nas ilhas, as aves tiveram que se adaptar para se alimentar das sementes, havendo, assim, uma alteração no formato dos seus bicos.

Darwin coletou sistematicamente plantas e animais, mas, com exceção dos tentilhões, não se preocupou em localizar as ilhas em que foram coletados cada exemplar. Somente se deu conta da importância deste processo quando foi informado, nos últimos dias de sua permanência no arquipélago, que tanto a flora quanto as tartarugas eram distintas para cada ilha de Galápagos. O governador do arquipélago orgulhava-se em dizer que sabia a ilha de origem das tartarugas por examinar o casco das mesmas. Entretanto, Darwin acreditava que esses animais eram importados e achava essa observação exagerada.

Este fato tornou-se relevante em suas pesquisas posteriores e permitiram que Charles desvendasse fatores importantes para a elaboração da Teoria da Evolução das Espécies.

O capitão FitzRoy escreveu sobre a paisagem da ilha Chatham (San Cristóbal)

Esta parte da ilha é baixa e muito irregular. Desembarcamos em pilhas de lava negra de triste aparência, estilhaçada, formando uma costa adequada para o pandemônio. Inúmeros caranguejos e iguanas horrorosos corriam em todas as direções enquanto trepávamos de pedra em pedra. Poucos animais são mais feios do que estas iguanas; têm o formato de lagartos, com cerca de três a quatro pés de comprimento, a cor é de um preto sujo; com uma boca grande e um papo pendurado sob ela; uma espécie de crina córnea no pescoço e nas costas; unhas longas e rabo comprido. Estes répteis nadam com rapidez e facilidade – e só então usam os rabos. A poucas jardas da água encontramos vegetação abundante, embora o solo seja de terá sota e areenta, espalhada sobre e entre a lava. É extremamente difícil caminhar.

No dia 17 de setembro, Darwin esteve na ilha Hoods (Espanhola) e relatou em seu diário.

A baia fervilhava de animais: peixes, tubarões e tartarugas faziam surgir suas cabeças em todas as partes. Logo lançaram-se linhas de pesca sobre a amurada e apanharam-se grande quantidade de bons peixes de dois e até três pés de comprimento. Essa atividade deixa todos os homens muito contentes, altas gargalhadas e o espadanar pesado dos peixes ouviam-se em todos os lados.

Depois do almoço, um grupo foi a terra para tentar apanhar tartarugas, mas não teve sucesso. Essas ilhas parecem ser um paraíso para toda a família dos répteis. Além de três tipos de tartarugas marinhas, a tartaruga gigante é tão abundante que um grupo de um só navio apanhou aqui entre 500 a 800 em curto espaço de tempo. As pedras de lava negra na praia são frequentada por grandes lagartos, muito nojentos. São tão pretos quando as rochas porosas por onde rastejam e buscam sua presa no mar. Alguém os chamou de "Diabos das trevas". Eles certamente combinam bem com a terra que habitam. Quando em terra, dediquei-me a análises botânicas e consegui dez flores diferentes; mas eram florzinhas tão insignificantes e feias quanto se poderia esperar de uma região ártica, e não tropical. As aves são estranhas ao homem e acham que ele é tão inocente quanto os nativos pensam das imensas tartarugas. Pequenos pássaros, a uma distância de três ou quatro pés, tranquilamente saltitavam pelos arbustos e não se assustavam com as pedras que jogávamos neles. O senhor King matou um com seu chapéu e eu empurrei de um galho, com o cano de minha carabina, um grande falcão.

Em 25 de setembro, Charles registrou como era o cotidiano dos habitantes do arquipélago.

Os habitantes daqui levam uma espécie de vida à moda de Robinson Crusoé; as casas são muito simples, construídas de troncos e cobertas de erva. Empregam parte de seu tempo acertando porcos e cabras selvagens que abundam nas matas; graças ao clima, a agricultura requer apenas uma pequena porção de seu tempo. O principal alimento, contudo, de origem animal é o jabuti ou tartaruga: restam ainda quantidades tão grandes que calcula-se que a caçada de dois dias possa encontrar comida para os outros cinco da semana. É claro que essas quantidades já foram muito reduzidas; há não muitos anos, a tripulação de uma fragata trouxe para a praia em um só dia mais de duzentos desses animais; onde agora fica a colônia, em torno das fontes, eles anteriormente abundavam. O senhor Lawson acha que ainda há quantidade suficiente para vinte anos; ele contudo enviou um grupo para a ilha James (para salgar a carne (há lá uma mina de sal). Há animais que são tão grandes, que já se conseguiu obter mais de duzentas libras de carne de um só deles. O senhor Lawson se recorda de ter visto um jabuti que seis homens mal poderiam levantar e que dois não conseguiriam fazer virar sobre seu casco. Essas imensas criaturas devem ser muito velhas; no ano de 1830 pegou-se uma (foram necessários seis homens para erguê-la para o bote) que tinha várias datas entalhadas em seu casco: uma era 1786. A única razão para ela não ter sido levada embora naquela época deve ter sido o fato de ser muito grande para ser carregada por dois homens. Os baleeiros sempre enviam seus homens para caçar aos pares.

Nos dia 26 e 27 de setembro, Charles relatou sobre suas coletas de amostras.

Industriosamente coletei todos os animais, plantas, insetos e répteis desta ilha. Será muito interessante descobrir, a partir de futuras comparações, a que distrito ou "Centro de criação” devem ser ligados os seres organizados deste arquipélago.

Charles descreveu sobre as iguanas terrestres no dia 1 de outubro de 1835.

Temos aqui um outro grande réptil em grandes quantidades. Trata-se de um grande lagarto, com entre dez e quinze libras de peso e dois a quatro pés de comprimento; estruturalmente ele é estreitamente ligado àqueles demônios das trevas que frequentam as costas. Este aqui habita tocas para onde corre quando se assusta, com passo rápido e desajeitado. Eles têm uma linha serrilhada nas costas e são de um laranja amarelado com a parte de trás do corpo de um vermelho-tijolo. São animais horrorosos, mas são considerados bom alimento: neste dia coletaram-se quarenta.

Charles registrou em seu diário no dia 11 de outubro de 1835.

Nas partes rochosas havia grandes quantidades de um cacto singular cujas grandes formas ovais ligadas umas às outras formavam galhos que se erguiam de um tronco cilíndrico.

• Que o arquipélago de Galápagos é Patrimônio da Humanidade pela UNESCO?
• Que em 1959 foi criado o Parque Nacional de Galápagos?

• Que durante a Segunda Guerra Mundial, o arquipélago de Galápagos serviu como base militar dos Estados Unidos da América?
• Que as espécies da flora e fauna de Galápagos são endêmicas? Espécies endêmicas são denominada as espécies que somente habitam uma determinada região geográfica. Isso ocorre devido a uma barreira física, climática ou biológica, que isola um grupo de indivíduos do grupo original, mas que conseguem se adaptar com eficácia.
• Que Darwin, enquanto esteve em Galápagos, não se atentou em identificar os exemplares dos tentilhões com o nome das ilhas em que foram capturados? Somente quando chegou à Inglaterra, o ornitólogo John Gould, contratado por Darwin, classificou os pássaros como uma nova família denominada de Geospizinae. Charles solicitou a ajuda do capitão FitzRoy, que também fizera uma coleção de exemplares, mas que havia sido mais cuidadoso em rotulá-los.
• Que Charles não deu importância aos comentários do governador de Galápagos, sr. Lawson, sobre a informação de que cada ilha possuía um tipo distinto de tartaruga gigante? Assim, Darwin não coletou exemplares específicos de cada ilha e não reparou nos formatos diversos dos cascos e tamanho do pescoço destes animais.