Robert FitzRoy nasceu em 5 de julho de 1805, em Amoton Hill, terra dos Grafton, na Inglaterra. De origem aristocrata, aos 12 anos entrou para a Real Academia Naval, em Portsmouth. Foi o primeiro a passar pela prova do almirantado inglês sem errar uma questão. Aos 23 anos já comandava um navio hidrográfico! Um homem de ideias inovadoras e um dos melhores capitães de navio de seu tempo. Era elogiado por seus colegas por ser disciplinado, generoso, ousado, determinado, cheio de energia, amistoso e cortês.

Quando FitzRoy fez o convite à universidade, tinha em mente duas questões: incluir na sua tripulação um geólogo, e contar com a companhia de um cavalheiro cortês para conversar durante a longa viagem de circunavegação.

Para manter o comando e controle da tripulação, a função de capitão exigia um certo isolamento. Ele tinha permissão para aplicar punições rigorosas a fim de evitar, por exemplo, possíveis motins. Em longas viagens, tal isolamento podia ser fatal. Como aconteceu com seu antecessor, que cometera suicídio. Darwin preenchia bem os requisitos. Embora não fosse um geólogo, como solicitado, era altamente qualificado. Além de ter um imenso potencial como naturalista, ele era um perfeito cavalheiro, gentil e educado. A princípio, FitzRoy hesitou sobre a indicação de Darwin e houve uma tensão no ar até que a recomendação fosse aceita.

Em 2 de setembro de 1831, Charles foi se encontrar com Henslow, em Cambridge, para resolver um impasse: deveria desistir da viagem por causa de suas divergências políticas com FitzRoy? O capitão do navio, um conservador, pusera restrições à ida de Charles por ele ser um decidido liberal. Henslow aconselhou Charles a conversar diretamente com o FitzRoy e com seu superior, Beaufort, antes de qualquer decisão.

No dia seguinte, Darwin partiu para Londres em uma carruagem e teve o primeiro encontro com seu futuro capitão. Ambos eram jovens, - FitzRoy tinha 26 anos e Darwin, 22 - e se deram bem logo de início. O capitão propôs que durante a viagem fizessem refeições de maneira simples, para que se aproveitasse melhor o limitado espaço de trabalho disponível em um navio pequeno como o HMS Beagle.

Ao final do encontro, Charles já começava a sentir uma grande admiração por FitzRoy. Saiu consciente de que a viagem seria desconfortável e tempestuosa, mas que sempre teria a liberdade de passar tempos em terra quando o clima fosse muito ruim ou, até mesmo, de voltar para casa. Seu entusiasmo pela viagem foi totalmente restaurado.

Depois de se tornar amigo de FitzRoy, Charles escreveu mais tarde sobre o risco que correu de não ser aceito para a viagem.

Depois que me tornei íntimo de FitzRoy soube que havia corrido um grande risco de ser rejeitado por conta do formato do meu nariz! Ele era um ardente discípulo de (Johann Kaspar) Lavater e estava convencido de que poderia julgar o caráter de uma pessoa pelos traços fisionômicos; e duvidava que alguém com um nariz como o meu pudesse ter suficiente energia e determinação para a viagem. Mas acho que mais tarde ficou satisfeito, porque meu nariz mentira.

Ao perceber falhas nos registros de sua bússola no retorno da primeira viagem do HMS Beagle, em 24 de janeiro de 1830, FitzRoy escreveu em seu diário.

Deve haver metal em muitas destas montanhas fueguinas, e lamento não ter no navio alguém com conhecimento de mineralogia, ou bem treinado em geologia. É uma pena que uma oportunidade tão boa de conhecer a natureza das rochas e o solo destas regiões tenha sido quase perdida. Não posso deixar de pensar no talento e na experiência necessários para tais pesquisas científicas, dos quais estamos totalmente destituídos; e internamente resolvi que, se alguma vez deixar a Inglaterra outra vez em uma expedição semelhante, vou fazer o possível para trazer uma pessoa qualificada para examinar o solo, enquanto os oficiais e eu mesmo nos dedicaremos à hidrografia.

• Que o capitão FitzRoy gastou muito dinheiro com livros e barômetros (aparelho que mede pressão atmosférica), além de 400 libras em armas de fogo para levar na viagem?
• Que Darwin tinha confiança ilimitada nas decisões de FitzRoy? O comportamento refinado e aristocrático do FitzRoy fazia com que o Darwin se sentisse predestinado à essa viagem.
• Que a principal missão da viagem era completar o levantamento cartográfico do extremo sul do continente americano? Naquela época, a Inglaterra tinha interesses comerciais e banqueiros ingleses haviam investido milhões de libras nos governos emergentes americanos, sendo que várias companhias haviam se capitalizado inteiramente para explorarem os recursos da região. Assim, os ingleses necessitavam de acesso fácil aos portos sul-americanos para derrotarem competidores comerciais como a Espanha e Estados Unidos.

• No período de 26 de junho de 1830 a 20 de junho de 1837, o Reino Unido, Irlanda e Hanover foram governados pelo rei William IV. Nascido em Londres, no dia 21 de agosto de 1765, William Henry governou até sua morte em 20 de junho de 1837, em Windsor

• FitzRoy