Em 28 de novembro de 1831, FitzRoy ofereceu um esplêndido almoço para cerca de 40 convidados, que valsaram até tarde da noite. No dia 5 de dezembro, o tempo estava bom e finalmente partiriam. Mas o vento forte voltou a soprar do sul e novamente a viagem foi adiada. Em 10 de dezembro houve uma nova tentativa. Chegaram a zarpar, mas depois de uma noite em mar revolto, retornaram ao porto de Plymouth. Dia 26 de dezembro, as condições de navegação estavam ótimas, mas a tripulação que manteve a tradição de se embriagar no dia de Natal, estava num estado deplorável. Enquanto isso, Darwin ganhou tempo para se adaptar à vida no navio. Organizou seus livros, equipamentos e roupas em sua cabine, aprendeu a dormir numa rede, sofreu com seus enjoos e iniciou seu famoso diário de bordo: “O diário do Beagle”. Finalmente, dia 27 de dezembro, o HMS Beagle zarpou de Plymouth.

Para o capitão, os principais objetivos dessa expedição eram: continuar o levantamento cartográfico e hidrográfico da costa Sul da América do Sul, através de cronômetros e observações astronômicas, verificar a longitude de algumas regiões cujas medidas anteriores acusavam discrepâncias, como foi o caso do Rio de Janeiro, e registrar as marés e as condições meteorológicas ao longo da viagem. Contudo, a verdadeira motivação dessa viagem para FitzRoy era devolver à Terra do Fogo três aborígenes que tinham sido levados para Inglaterra numa viagem anterior.

A primeira impressão de Darwin sobre o Beagle, que era um navio impressionantemente pequeno (27 metros de comprimento), não foi das melhores. Em 25 outubro de 1831, suas primeiras anotações sobre o Beagle em seu diário foram:

“Subi a bordo do Beagle, vi que ele estava ancorado ainda na doca seca e em um estado de balbúrdia e confusão. Os homens estavam em sua maioria ocupados em pintar a proa e equipar as cabinas. Na última vez em que tinha visto o navio, ele estava no estaleiro, sem os mastros e as divisões dos compartimentos estanques, e parecia mais um navio naufragado do que uma nau que deveria viajar à roda do mundo”.

Suas primeiras linhas escritas a bordo do Beagle, em 4 de dezembro, foram:

Estou escrevendo estas linhas pela primeira vez a bordo. É cerca de uma hora agora e pretendo dormir na minha rede. Eu o fiz ontem à noite e passei por uma dificuldade das mais ridículas para conseguir entrar nela; meu grande pecado como jóquei foi ter tentado colocar as pernas primeiro. Estando a rede suspensa, eu conseguia assim apenas afastá-la, sem obter qualquer progresso na inserção de meu próprio corpo dentro dela. O método correto é, sentar-se acuradamente no centro da cama, imprimir então ao corpo uma torção dextrógira e a cabeça e os pés chegam a seus respectivos lugares. Depois de algum tempo ouso dizer que eu, como outros, hei de achar isso muito confortável. Passei o dia em parte a bordo e em parte com meu irmão. À noite o capitão King, seu filho, Stokes, meu irmão e eu jantamos com o capitão FitzRoy.

• Que na primeira viagem do HMS Beagle, o capitão Pringle Stokes iniciou o levantamento hidrográfico da Terra do Fogo, sob o comando geral do capitão Phillip Parker King, capitão do HMS Adventure? Contudo, o capitão Pringle Stokes entrou em depressão profunda e se suicidou em 1828 em Puerto Hambre. Então o tenente Skyring assumiu o comando do navio até o Rio de Janeiro. Somente na cidade carioca, em 15 de dezembro de 1828, FitzRoy foi nomeado capitão do Beagle e o regressar a Inglaterra em 14 de outubro de 1830, FitzRoy já tinha estabelecido sua reputação como um agrimensor e comandante.
• Que a principal motivação para o capitão FitzRoy, na segunda viagem HMS Beagle, era repatriar os fueguinos que haviam sido levados para a Inglaterra na viagem anterior do Beagle? Na ocasião da primeira viagem do HMS Beagle, sob o comando do capitão Pringle Stokes, durante uma pesquisa perto do Cabo Desolação, numa noite do início de 1830, uma baleeira foi roubada pelos fueguinos. FitzRoy tentou negociar capturando 4 deles, contudo os nativos não tiveram interesse em fazer a troca. Assim, o capitão decidiu levá-los a Inglaterra e educá-los por algum tempo antes de devolvê-los ao seu povo.
• Que os nomes dos fueguinos capturados eram Fuegia Basket, York Minster, Boat Memory e Jemmy Button? O favorito de FitzRoy era Boat Memory que morreu devido a varíola na Inglaterra.

• HMS Beagle