Em 28 de fevereiro, perto da temporada do carnaval brasileiro, o HMS Beagle ancorou em São Salvador da Bahia de Todos os Santos. Em meio a uma magnífica floresta, Salvador, já era uma cidade antiga, situada em uma margem íngreme, de onde se contemplava as águas calmas, com grandes navios espalhados. As casas, brancas e altas, tinham janelas alongadas, com uma aparência leve e elegante. Nos arredores a arquitetura se diferenciava por conventos, edifícios públicos e pórticos. Darwin se encantou com a paisagem tropical e, principalmente, com a vegetação, remetendo-lhe as descrições de Humboldt. Mas, nem mesmo estas conseguiram retratar com precisão o esplendor do cenário.

Percorrer a floresta tropical lhe proporcionou uma incomparável e inesquecível emoção. Era difícil dar conta de tantas novidades e das maravilhosas sensações, como os sons vindos da floresta que chegavam ao navio, misturado ao silêncio profundo, emanando um sensação de paz, quando adentrava na densa mata.

Depois de várias caminhadas com seus companheiros de viagem, e de coletar muitos insetos e amostras geológicas, Charles constatou como dedicar-se à história natural lhe era prazeroso.

É uma coisa nova e agradável para mim tomar consciência de que se dedicar à história natural é fazer o meu dever e que, se eu desdenhar este dever, estarei ao mesmo tempo negligenciando o que por alguns anos me deu tanto prazer.

Apesar de seu encantamento com a natureza, sua indignação com a escravidão e a preocupação com a falta de educação do povo foram percepções registradas em seu diário.

Fiz uma caminhada de despedida com King. A tarde estava brilhante e claríssima; nem um sopro de ar movia as folhas; tudo estava silente; nada podia ser mais apropriado para fixar em nossas mentes as últimas e gloriosas lembranças da Bahia. Se ao que a natureza concedeu aos Brasis o homem acrescesse seus justos e adequados esforços, de que país poderiam jactar-se seus habitantes! Mas onde a maioria está ainda em estado de escravidão e onde o sistema se mantém por todo um embargo da educação, fonte principal das ações humanas, o que se pode esperar a não ser que seja o todo poluído por sua parte?

Ao se despedir da Bahia, refletiu sobre o que tinha visto até ali. Nada poderia ser mais delicioso do que o clima tropical, e dificilmente encontraria em regiões frias céu e paisagens com tamanha beleza.

Finalmente seu sonho se concretizava! Deslumbrado com a floresta tropical, Charles Darwin escreveu em seus primeiro dias na Bahia:

O dia se passou deleitosamente; deleite é, no entanto, um termo fraco para tais transportes de prazer. Tenho caminhado sozinho pela floresta brasileira; entre a multidão, é difícil de dizer que conjunto de objetos é mais impressionante: a exuberância geral da vegetação inclui a vitória, a elegância das gramíneas, a novidade das plantas parasitas, a beleza das flores... O verde lustroso das folhagens, tudo tende àquele fim. Uma mistura das mais paradoxais de som e silêncio domina as partes menos ensolaradas da floresta. O barulho dos insetos é tão alto que à noite pode-se fazer ouvir mesmo em uma embarcação ancorada a centenas de jardas da praia. E no entanto, dentro dos recessos da floresta, quando imersos nele, uma paz universal nos parece prevalente. Para uma pessoa com inclinação para a história natural, um dia como este traz um tipo de prazer mais agudo do que ela jamais poderá voltar a sentir.

Apenas posso acrescer enlevos aos enlevos anteriores. Caminhei com os dois cadetes algumas milhas para o interior. A paisagem é composta de pequenas colinas e cada novo vale é mais lindo que o anterior. Recolhi um grande número de flores de brilhante colorido, o bastante para enlouquecer um florista. O cenário brasileiro não é mais nem menos que uma visão das Mil e uma Noites, com a vantagem da realidade. O ar é deliciosamente fresco e suave; com a plenitude do prazer, deseja-se ferventemente viver recolhido neste mundo novo e mais grandioso.

Darwin, ao navegar nos arredores da Bahia a caminho do Rio de Janeiro, descreveu sua admiração pelos céus do Sul:

À noite, nestas belas regiões dos trópicos, há ao menos uma fonte segura e infalível de entretenimento: admirar as constelações nos céus. Muitos daqueles que viram ambos hemisférios dão a palma às constelações do Norte. É contudo para mim um inexprimível prazer contemplar essas constelações, cuja primeira vista Humboldt descreve com tanto entusiasmo. Experimento uma certa sensação de pertencimento quando olho para o Cruzeiro do Sul, as fosforescentes Nuvens de Magalhães e a grande Coroa Austral.

Em Salvador, Darwin caminhou pelas ruas e interagiu com os habitantes. Veja o que comentou no dia 15 de março de 1832:

...fui desembarcado em terra e fiquei muito feliz por ter outra oportunidade de admirar as lindas paisagens em torno da Bahia. Consegui um menino irlandês como interprete e novamente comecei a revisitar a área como ontem fiz. Depois de caminhar por algum tempo sob o calor do sol, entramos em uma Venda e bebemos uma excelente sangria. Como em geral acontece, logo estávamos cercados por homens, mulheres e crianças negros. Não sei se me deram eles ou dei-lhes eu mais motivos de riso; seu espanto era grande diante da rede para insetos, da pequena pistola e da bússola; enquanto uma coisa depois da outra saía de meus bolsos, gritaram "cheio, cheio de pecados", indubitavelmente crendo estarem todos meus instrumentos ligados al Diabolo. Todos se deleitam com os excelentes modos dos negros. Dei um pouco de vinho a meus amigos na Venda e, quando me despedi deles, tenho a firme crença de que nenhuma duquesa com vestidos de três caudas teria feito reverências tão dignas e corteses quanto aquelas com que me saudaram as negras.

• Que Darwin presenciou uma tromba d’água quando estava na costa de Salvador? Esse fenômeno atmosférico consiste em um tornado que se forma no mar, rio ou lago
• Que Darwin descreveu pela primeira vez a exuberância da floresta tropical em Salvador? Ele ficou deslumbrado com a floresta que a chamou de “mata luxuriante”.
• Que Darwin descreveu uma tempestade tropical pela primeira vez em Salvador? Durante a chuva, abrigou-se debaixo de uma árvore, e ao ver uma pequena torrente de água descer pelo tronco da mesma, percebeu que a riqueza de espécies da flora e fauna na mata, estava relacionada à grande umidade retida no solo da floresta.
• Que as formigas corredeiras impressionaram Darwin? Ele ficou atônito com o trabalho colaborativo das milhares de formigas operárias carregando galhos, folhas e perseguindo insetos para levar ao formigueiro.
• Que Darwin e FitzRoy divergiam quanto a escravidão? Darwin era de uma família que não aceitava a escravidão, considerava os negros como irmãos aos olhos de Deus, assim fez severas críticas sobre essa prática. Entretanto, FitzRoy não via nenhum problema com o destino dos negros. Com o passar dos anos, Darwin influenciou as opiniões de FitzRoy sobre a escravidão.
• Que uma das brincadeiras de carnaval era jogar bolas de cera cheias de água nas pessoas? Darwin foi atingido por várias dessas bolas, quando caminhava nas ruas de Salvador no carnaval.